山东农业大学是一所具有百年历史的名校。其前身是1906年(清光绪32 年)创办于济南的山东高等农业学堂。1913年更名为山东公立农业专门学校。

1926年，公立农专与其他五所专门学校合并，成立了省立山东大学,其中公立农专成为省立山东大学农学院,后改为国立山东大学农学院，迁址青岛。

1937年因抗战爆发，学校由青岛迁四川万县办学，1946年迁回青岛复校。 当时的山东大学农学院设农艺、园艺、水产三个系及一个农场同一时期，1947 年山东省立农学院在济南原公立农专旧址宣告成立，设有农艺、园艺、森林、农 业经济四个系，后改名为山东农学院。

1952年10月，根据国家教育部关于院系调整的意见， 山东省立农学院与当时的山东大学农学院合并，同时调人齐鲁大学农业专科、金陵大学园艺系、南京大学园艺系果树组，组成了新的山东农学院， 校址在济南。

1958年，学校迁址泰安，由山东农学院、山东林学院、山东畜牧兽医学院、泰安农业专科学校、泰安水利学校合并建立山东农业大学，1959年改称山东农学院此后几十年，虽然也有过-些调整，但学校的主体没有大的变动。

1983年9月，经教育部和山东省人民政府批准，山东农学院改名为山东农业大学。

1999年7月，经山东省人民政府批准，将山东农业大学、山东水利专科学校合并，同时将山东省林业学校并人，组建新的山东农业大学。